Vos actes de soins sont exonérés de TVA, et vous vous demandez si la réforme de la facturation électronique vous concerne. Oui. Voici ce qui change, date par date, selon votre type d'activité.
Suis-je concerné si mes actes sont exonérés de TVA ?
La quasi-totalité des soins dispensés par les médecins, chirurgiens-dentistes, sages-femmes, masseurs-kinésithérapeutes, infirmiers, orthophonistes ou pédicures-podologues est exonérée de TVA (article 261, 4-1° du Code général des impôts). Beaucoup de praticiens en déduisent qu'ils sont hors du champ de la réforme.
Le droit fiscal distingue deux notions. Être assujetti à la TVA, c'est exercer une activité économique de façon indépendante (article 256 du CGI). Être redevable, c'est la collecter effectivement. Un praticien libéral est assujetti sans être redevable sur ses soins, et l'administration fiscale place tous les assujettis, redevables ou non, dans le périmètre de la réforme.
La facturation de vos actes de soins ne change pas. La réforme touche les factures que vous recevez (loyer, électricité, logiciel de gestion, matériel médical, expert-comptable) et, pour certains d'entre vous, celles que vous émettez en dehors du soin.
Les feuilles de soins électroniques (FSE) et la télétransmission SESAM-Vitale vers l'Assurance Maladie ne sont pas des factures au sens fiscal. Elles continuent de fonctionner comme aujourd'hui, via vos logiciels métiers agréés.
Le calendrier : deux dates à retenir
- 1er septembre 2026, la réception. Tous les praticiens libéraux et toutes les structures (SCM, SEL, SCP), y compris exonérés de TVA à 100 %, doivent pouvoir recevoir leurs factures fournisseurs au format électronique structuré. Il faut avoir choisi avant cette date une Plateforme Agréée (PA), raccordée à l'annuaire national du Portail Public de Facturation. Passé cette date, un PDF envoyé par e-mail ou une facture papier n'ont plus de valeur fiscale probante.
- 1er septembre 2027, l'émission et le e-reporting. Les praticiens qui ont une activité taxable devront émettre leurs factures B2B au format électronique, et transmettre à l'administration un e-reporting des transactions taxables réalisées avec des particuliers.
Si vous exercez à 100 % en soins conventionnés, sans activité annexe, vous avez une seule obligation : la réception dès 2026. Rien à prévoir en 2027.
Ce qui est concerné selon votre activité
Pour la réception, tout le monde est concerné dès 2026. Pour l'émission en 2027, cela dépend de chaque type de recette :
- Actes de soins conventionnés : exonérés, aucune émission.
- Rétrocessions d'honoraires (remplacement) : exonérées, aucune émission.
- Redevances de collaboration libérale : taxables, émission obligatoire vers le collaborateur.
- Expertises pour des assurances, des entreprises ou des tribunaux : taxables, émission obligatoire.
- Formations ou DPC dispensés à des organismes : taxables, émission obligatoire.
- Ventes de matériel à d'autres professionnels : taxables, émission obligatoire.
- Actes esthétiques non thérapeutiques et ventes à des particuliers : taxables (TVA 20 %). Pas d'émission B2B puisque le client est un particulier, mais e-reporting obligatoire des transactions.
Remplacement ou collaboration libérale : deux régimes différents
C'est le point le plus souvent mal compris. Tout dépend de qui encaisse directement le patient.
Vous accueillez un remplaçant. Vous encaissez l'intégralité des honoraires, puis vous lui reversez sa part. Cette somme est une rétrocession d'honoraires, liée à un acte de soin exonéré : elle reste exonérée. Le remplaçant n'a aucune facture électronique à vous adresser.
Vous accueillez un collaborateur libéral. Il encaisse directement ses patients, puis vous verse une redevance de collaboration pour l'usage du local, du matériel, de la patientèle et éventuellement du secrétariat. Cette redevance est une prestation de service, dans le champ de la TVA. Vous devrez lui émettre une facture électronique à partir du 1er septembre 2027.
Activité mixte : franchise en base ou TVA collectée
Si vous cumulez des soins exonérés et des actes taxables (esthétique, expertises, formations), deux régimes s'appliquent à la part taxable.
La franchise en base de TVA (article 293 B du CGI). Tant que votre chiffre d'affaires taxable ne dépasse pas 37 500 € par an, vous ne collectez pas la TVA. La franchise ne vous dispense pas de la réforme : une prestation taxable facturée à une entreprise ou un organisme devra faire l'objet d'une facture électronique dès 2027, avec la mention « TVA non applicable, article 293 B du CGI ».
Le régime réel. Au-delà du seuil, ou sur option, vos actes taxables supportent 20 % de TVA. Pour un particulier, pas de facture électronique B2B, mais un e-reporting périodique de vos encaissements, transmis via votre plateforme.
Le cas des cabinets de groupe (SCM)
Quand plusieurs praticiens partagent un local via une Société Civile de Moyens, la SCM a sa propre personnalité morale et son propre numéro SIREN. Elle doit donc souscrire elle-même un accès à une Plateforme Agréée avant le 1er septembre 2026, indépendamment de celles de ses associés.
Pour les appels de fonds adressés à ses membres : tant que la SCM répartit les charges à prix coûtant, sans marge, ces refacturations restent exonérées et hors du champ de l'émission électronique. Si elle applique une marge ou facture des tiers non membres, l'exonération tombe et elle devra émettre des factures électroniques à ses associés dès 2027.
Un point de vigilance. Dans beaucoup de cabinets, un associé gère de façon informelle les factures courantes (eau, électricité, entretien). La réforme impose un compte de plateforme propre à la structure, distinct de ceux des praticiens. C'est le bon moment pour formaliser un mandat de gestion avec votre expert-comptable.
Secret médical et CNIL : ce que votre prestataire doit garantir
Les règles de confidentialité du secteur de la santé s'appliquent aussi à vos factures.
- Aucune donnée de santé sur une facture. Ni pathologie, ni diagnostic, ni code d'acte CCAM ou NGAP détaillé ne doit figurer sur une facture transmise dans le réseau des plateformes. Utilisez des libellés neutres : « Prestation médicale », « Honoraires d'expertise ».
- Certification HDS. Si votre solution est connectée à votre logiciel de gestion de cabinet, vérifiez qu'elle a la certification Hébergeur de Données de Santé et la norme ISO 27001.
- Accès sécurisés. Authentification à deux facteurs et comptes individuels nominatifs, sans identifiant partagé entre associés.
- Archivage 10 ans. Les factures électroniques doivent être conservées dix ans (article L102 B du Livre des procédures fiscales), avec garantie d'intégrité et de lisibilité.
Sanctions en cas de non-conformité
L'article 1737 du CGI prévoit :
- Absence de Plateforme Agréée désignée : 500 € après mise en demeure, puis 1 000 € par trimestre de retard.
- Facture non conforme au format structuré : 50 € par facture, plafonné à 15 000 € par an.
- E-reporting non transmis : 250 € par transmission manquante, plafonné à 15 000 € par an.
- Mention obligatoire manquante : 15 € par mention, dans la limite d'un quart du montant de la facture.
Ces montants sont doublés en cas de récidive constatée lors d'un contrôle ultérieur.
Attention au démarchage abusif
À l'approche des échéances, des éditeurs et des intermédiaires présentent des abonnements logiciels coûteux comme une « obligation de conformité médicale ». Un praticien à 100 % en soins conventionnés a une seule obligation : pouvoir recevoir des factures électroniques. Des solutions gratuites ou à quelques euros par an, souvent proposées par les organismes de gestion agréés, suffisent pour ça.
Avant de signer, posez-vous une seule question : ai-je une activité taxable en dehors de mes soins ? Si la réponse est non, un simple module de réception vous suffit.
Votre plan d'action en 4 étapes
- Cartographiez vos flux financiers. Séparez vos actes de soins exonérés de vos recettes taxables (expertises, formations, actes esthétiques, redevances de collaboration).
- Recensez vos structures juridiques. Exercice individuel en BNC, SCM, SEL, SCP : chaque numéro SIREN actif doit être raccordé séparément.
- Choisissez votre Plateforme Agréée avant l'été 2026. Soins conventionnés à 100 % : une solution légère de réception suffit. Activité mixte ou SCM : une solution qui gère aussi l'émission et le e-reporting.
- Vérifiez la conformité CNIL et secret médical de la plateforme retenue avant de vous engager.
La solution Via Sana pendant cette transition
Choisir une Plateforme Agréée, revoir l'organisation d'une SCM, parfois changer de logiciel : ces démarches arrivent souvent en même temps que d'autres décisions dans la vie d'un cabinet. Sur la partie immobilière, nos centres accueillent déjà de nombreux praticiens en exercice partagé ou en SCM, sans bail commercial classique, avec un rythme d'occupation que vous ajustez librement, de 1 jour par semaine à un temps plein.
Cet article a une vocation informative et ne constitue pas un conseil fiscal personnalisé. Pour votre situation (activité mixte, structure de groupe, seuils de franchise), rapprochez-vous de votre expert-comptable.
Sources : articles 256, 261-4-1°, 293 B et 1737 du Code général des impôts ; article L102 B du Livre des procédures fiscales ; décret n° 2024-1098 du 4 décembre 2024 ; impots.gouv.fr ; urssaf.fr.
Aller plus loin
Vos questions fréquentes
Non. La télétransmission SESAM-Vitale vers l'Assurance Maladie est un circuit distinct, que la réforme ne touche pas.
Pas forcément. Si vous exercez à 100 % en soins conventionnés, une solution de réception gratuite ou peu coûteuse suffit. Seules les activités taxables demandent une solution plus complète.
Non. Une rétrocession d'honoraires liée à un acte de soin exonéré reste hors du champ de la facturation électronique.
Le titulaire qui perçoit votre redevance de collaboration devra, lui, vous émettre une facture électronique à partir de 2027, puisqu'il s'agit d'une prestation taxable.
Des pénalités sont prévues par l'article 1737 du CGI : 500 € après mise en demeure si aucune Plateforme Agréée n'est désignée (puis 1 000 € par trimestre de retard), 50 € par facture non conforme et 250 € par e-reporting manquant, avec des plafonds annuels de 15 000 €, doublés en cas de récidive.
Non. Ce guide donne les repères pour poser les bonnes questions. Votre situation précise (activité mixte, structure de groupe, seuils de franchise) demande une validation par votre expert-comptable.
